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DNA粗提純 「粗提dna實(shí)驗」

基本方案1:堿裂解法制備粗制裂解物

01實(shí)驗材料

含有氨芐青霉素或其他適當的選擇性試劑的LB培養基或豐富培養基(如超級肉湯或TB超級肉湯培養基)帶有質(zhì)粒的大腸桿菌菌株葡萄糖/Tris/EDTA (GTE)溶液卵清溶菌酶NaOH/SDS 溶液3 mol/L乙酸鉀溶液,pH 約5.5異丙醇70%乙醇約20 ml容量的高速離心管

02實(shí)驗步驟

1)往5 ml的含選擇性試劑(通常是氨芐青霉素)的LB培養基或豐富培養基接種單菌落,于37℃劇烈振蕩培養過(guò)夜。

2)往2L燒瓶中加入 500 ml含有適當抗生素的LB培養基,然后加人1 ml過(guò)夜培養的大腸桿菌培養物,再于37℃培養至飽和狀態(tài)(OD600≈4),于4℃,6000g離心10 min。

注意:為提高產(chǎn)量,應采用表面積較大及帶折流板的燒瓶以盡量增大通氣度﹔振搖速度應大于400r/min。

3)用4 ml GTE溶液重懸沉淀,并轉移到一個(gè)容積≥20 ml的高速離心管中。

4)加入1 ml新配的含25 mg/ml溶菌酶的GTE溶液(終濃度5 mg/ml),徹底重懸沉淀,于室溫放置10 min。

注意:如果 DNA要用層析法純化,加入50 ug/ml RNA酶A以降解RNA。

5)加人10 ml新配的NaOH/SDS溶液,并且輕輕混勻直至液體變得均一、清亮而黏稠。于冰上放置10 min。

6)加入7.5 ml 3 mol/L乙酸鉀溶液,用吸管輕輕攪拌直至黏稠度下降并形成大的沉淀,于冰上放置10 min。

7)于4℃,20 000g離心10 min,將上清輕輕倒入至另一個(gè)干凈的離心管中,如果有可見(jiàn)的漂浮物可用數層紗布過(guò)濾。

8)加入0.6倍體積的異丙醇,顛倒混勻,室溫放置5~10 min。

9)室溫,15 000g離心10 min。棄上清,加入2 ml 70%乙醇輕輕洗滌沉淀。

10)室溫,15 000g短暫快速離心,吸去乙醇,并真空干燥。4℃無(wú)限期保存。

基本方案2:氯化銫/溴化乙錠平衡離心法

01實(shí)驗材料

來(lái)自于粗裂解物制備的沉淀或上清TE緩沖液pH 7.5氯化銫(CsCl)10 mg/ml溴化乙錠溶液Dowex AG5OW-X8陽(yáng)離子交換樹(shù)脂l g/ml CsCI/TE溶液0. 2 mol/L NaCI/TE緩沖液100%乙醇和70%乙醇5 ml 快封超離心管

02實(shí)驗步驟

1)粗裂解物制備方案最后一步得到的沉淀溶于4 ml TE緩沖液中,加人4.4 g CsCl,溶解后,再加入0.4 ml 10 mg/ml溴化乙錠。

注意:溴化乙錠是一種誘變劑并能造成環(huán)境污染,操作時(shí)應戴手套,并且妥善處理。

2)將溶液轉入一個(gè)5 ml 的 quick-seal 快速封口的超離心管中,往管中加人1 g/ml CsCl/TE溶液,封好離心管。

3)于20℃,500 000g離心3.5 h或于20℃,以350 000 g 離心14 h 以上。

注意:必須在溫度不低于15℃下離心,這是為了防止對轉子和離心機的損壞以及潛在的嚴重的人員傷害。

4)小心地取出管子,從管的頂端插人一支20-G針頭,然后用帶另一20-G針頭的3 ml注射器將質(zhì)粒帶吸出(針頭插入質(zhì)粒帶下約1 cm)。

注意:為了防止紫外線(xiàn)對眼睛的嚴重損傷,應戴紫外防護眼鏡或面罩。操作溴化乙錠時(shí)要戴手套。

5)為了得到更高純度的質(zhì)粒DNA,在新管中進(jìn)行第二次超速離心,管頂加有含0.1mg/ml溴化乙錠的CsCl/TE緩沖液。

6)按質(zhì)粒DNA/EB溶液的1.5~2倍體積裝 Dower AG50W-X8柱子,用數倍體積的TE/0.2 mol/L NaCl溶液清洗和平衡柱子。

7)用注射器將混合有溴化乙錠的質(zhì)粒DNA溶液直接加到樹(shù)脂的頂部,注意不要搖動(dòng)樹(shù)脂。立即收集流出液。

8)用2倍于上樣質(zhì)粒溶液體積的0.2 mol/L NaCl /TE溶液洗脫柱子兩次,用同一管子收集流出液。也可以用等體積TE飽和的正丁醇來(lái)除去溴化乙錠。充分渦旋振蕩混勾,然后除去有機相,重復幾次直至在紫外燈下看不見(jiàn)紅色,然后加入3倍體積TE緩沖液來(lái)稀釋氯化銫。

注意:在本方法中產(chǎn)生的含有溴化乙錠的有機廢物應該妥善處理。

9)加入 2倍體積100%乙醇于室溫或-20℃沉淀質(zhì)粒DNA,于4℃,以 10 000 g 離心10 min。沉淀 DNA時(shí)溫度不要低于-20℃,以免氯化銫沉淀下來(lái)。

10)沉淀用70%乙醇洗滌1遍,真空干燥,溶解于TE緩沖液,并于4℃保存。

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